مسجد سردار از دو قسمت مجزا تشکیل شده است: قسمت اصلى و مهم مسجد را شبستان بزرگ آن تشکیل مى‌ دهد. شبستان داراى طرح مستطیل به طول ۲۲ و به عرض ۱۸ متر است. در گوشهٔ جنوب شرقى شبستان که از حالت مستطیل خارج شده، ۱۲ ستون سنگى هشت ضلعى وجود دارد که سرستون‌ هاى آن به شیوه مقرنس، تراش داده شده و زیبایى خاصى به مسجد بخشیده است.

انتهاى شبستان بزرگ، شبستان کوچک قرار دارد که با یک ورودى به داخل شبستان اصلى راه دارد. ابعاد طول و عرض آن ۱۲×۱۰ متر است و از نظر شکل همانند شبستان بزرگ است، ولى ساده و بدون تزئین و آرایش. یک محراب آجرى ساده نیز در ضلع جنوب آن ساخته شده است.

تمام مصالح به کار رفته در مسجد سردار ، به استثناى ۱۲ ستون شبستان، ‌ از دیوارهاى طرفین تا قسمت‌ هاى طاق و پوشش سقف، همه از آجرهایى به ابعاد ۵×۲۲×۲۰ سانتىمتر است که با ملاط گچ و خاک ساخته شده است. در انتهاى شبستان (قسمت غربى) که متصل به شبستان کوچک است با تخته‌ کوبى حدود یک فرش‌ انداز را به صورت بالکن چوبى جهت استفاده بانوان در آورد‌ه‌ اند که بیشتر قسمت‌ هاى این بالکن چوبى را با نقاشى و نوشته تزئین کرده‌ اند.

قسمت پایین دیوارهاى شبستان بزرگ، مانند ازاره اکثر مساجد قدیمى، تا ارتفاع یک متر با کاشى‌ هاى سبز رنگ به ابعاد ۲۰×۲۰ سانتىمتر پوشانیده شده است. بالاى ازاره مذکور، دور تا دور مسجد را یک حاشیه باریک به اندازه عرض یک کاشى با کاشىهاى هفت رنگ، شامل نقوش گل و بوته با رنگهاى زرد و صورتى، آبى، سبز و سفید پوشش داده‌ اند. بقیهٔ‌ دیوار در چهار طرف فاقد هر گونه اندود و تزئین است. طاق‌ هاى سقف شبستان را با رنگ سبز رنگ‌ آمیزى کرده‌ اند و فرم چیدن آجر رواق‌ ها نیز با مهارت انجام گرفته است. البته در سال‌‌ هاى اخیر تمام فضاهاى داخلى سقف مجدداً سفیدکارى شده است. تزئین چشمگیر و جالب این مسجد به شکل تراش ستون‌ هاى سنگى شبستان بزرگ و سر ستون‌ هاى مربع آنها که به شیوهٔ قطاربندى نزدیک به مقرنس‌ تراش داده شده‌ اند، مربوط مى‌ شوند. در سال‌ هاى اخیر، ضمن دستکارى دیگر قسمت‌ هاى مسجد، روى ستون‌ ها و سرستون‌ ها را با رنگ روغن نقاشى کرده‌ اند که خوشبختانه هیچگونه آسیبى به آنها نرسیده است.

نور شبستان بزرگ از دو ضلع شمالى و جنوبى ساختمان تأمین مى‌ گردد؛ پنجره‌ هاى اصلى در ضلع شمالى تعبیه شده‌ اند و طاق به وسیلهٔ یک تیغهٔ باریک به دو قسمت تقسیم شده است که در هر قسمت یک پنجره نصب کرده‌ اند. پنجره‌ هاى شبستان در اصل چوبى بوده است و در بالاى آن نورگیرهاى کوچک (روزن)‌ وجود داشته، ولى اخیراً پنجره‌ ها را تعویض کرده‌ اند و به جاى آنها پنجره‌ هاى آهنى نصب کرده‌ اند که در نتیجه روزنه ها بسته شده است. در بالاى طاق‌ هاى ضلع جنوبى، نورگیرهاى مدور کوچکى نیز تعبیه شده است.